A los ambientalistas les preocupa que los proyectos de desalinización de agua de mar puedan tener impactos negativos en las pesquerías locales y los ecosistemas marinos. Las plantas desalinizadoras de agua de mar pueden inhalar vida marina, especialmente larvas de peces, causando daños a los recursos pesqueros. Además, durante el proceso de desalinización del agua de mar se pueden descargar aguas residuales y agua salada, provocando contaminación y perturbaciones en el ecosistema marino.

Este artículo analiza la estructura de costos del proceso de desalinización, incluida la tecnología, la energía, la escala y otros aspectos. Aunque los costos actuales son relativamente altos, los avances en la innovación tecnológica, las economías de escala y la gestión del mantenimiento reducirán gradualmente los costos.