La calidad de las aguas subterráneas se ve afectada por el entorno geográfico, la estructura del suelo, la composición de las rocas y las actividades humanas. Por ejemplo, en algunas zonas las aguas subterráneas pueden contener altas concentraciones de hierro, manganeso, sulfuro o una dureza elevada, lo que da lugar a aguas amarillas, olores, incrustaciones y otros problemas.